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学术成果方面，他曾主持国家自然基金面上项目、国家自然基金青年项目、中央引导地方专项、山西省重点研发项目、山西省专利推广转化项目、山西省应用基础研究项目、山西省高校科技创新项目、企业横向项目等15余项，获得2020年“粤港澳大湾区高性能计算”全国博士后学术论坛二等奖。发表学术论文70余篇， SCI收录50余篇、ESI高被引论文10篇、热点论文2篇，以第一作者发表EI收录论文7篇。第一发明人申请国家发明专利20余项，授权10项，出版专著1部。
吴智深2005年起担任东南大学博士生导师，2006年城市工程科学国际研究中心主任； 2009年江苏省玄武岩纤维工程中心主任；2010年东南大学校长特别助理，学术特区城市工程科学技术研究院院长，土木工程学院学术委员会主任，一级学科学术带头人；2011年任玄武岩纤维生产及应用技术国家地方联合工程研究中心主任，国家预应力工程技术研究中心工程技术委员会副主任委员；2013混凝土及预应力混凝土结构教育部重点实验室主任，2018年东南大学校务委员会副主任。
在我国经济高质量发展阶段，主要依靠技术创新、全要素生产率提升和经济结构升级拉动经济发展替代资本和劳动力要素投入规模扩张促进经济增长的模式，在增长结构转换中伴生着结构性失业增加。要实现稳中求进，既需要加工贸易发展承载稳就业的功能，也需要提高加工贸易发展水平，推动加工贸易加强研发和技术改造，提升制造水平和产品附加值，发挥其推动产品、产业结构升级，实现创新发展的功能。
当前，济南市新旧动能转换起步区诸多既有科技引领力又颇具市场价值的研发成果完成转化。其中，由济南中科核技术研究院建成的放射性药物转化平台，是目前国内仅有的已完成建设并投入运行的实验室。该实验平台配备回旋加速器、合成热室、万级洁净间、分子影像设备等，具备从核素制备、放射性药物合成、动物成像实验、影像设备扫描及数据采集等一站式研发服务完整链条。