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学术成果方面，他曾主持国家自然基金面上项目、国家自然基金青年项目、中央引导地方专项、山西省重点研发项目、山西省专利推广转化项目、山西省应用基础研究项目、山西省高校科技创新项目、企业横向项目等15余项，获得2020年“粤港澳大湾区高性能计算”全国博士后学术论坛二等奖。发表学术论文70余篇， SCI收录50余篇、ESI高被引论文10篇、热点论文2篇，以第一作者发表EI收录论文7篇。第一发明人申请国家发明专利20余项，授权10项，出版专著1部。
据东南大学官网提供的资料显示，吴智深，1961年6月生，教授、博士生导师；第十三届全国政协委员；日本工程院院士（外籍），欧洲科学与艺术院院士； 国家重点人才计划，长江学者，国家杰出青年基金获得者（B类），973项目首席科学家，国务院学位委员会学科评议组成员，第七届教育部科学技术委员会环境与土木水利学部委员，教育部“长江学者和创新团队发展计划”创新团队（领军人）和江苏省创新团队（领军人）。
“在致力于保护落衣沟村自然生态环境的同时，我们还充分发挥当地的自然资源优势，积极推动社区自然教育。”大熊猫国家公园唐家河片区工作人员介绍，目前已开发5套社区自然教育课程，开辟3条社区自然教育线路，培养了20名社区自然讲解员。不仅让当地居民更好地了解和珍惜身边的自然环境，也使得绿水青山真正转化为金山银山。
得益于多学科协同工作，一些关于长城的疑问得到了解答。明代长城北京段砌筑灰浆中有没有糯米浆？这是一个颇受关注的话题。北京市考古研究院、中国矿业大学、北京建筑大学的研究人员分别对北京段部分长城使用的灰浆进行研究，发现明代修建长城用的是镁质石灰，基本是就地取材、因地制宜，未发现糯米浆成分。研究结果基本确定了长城北京段建造的原材料，为保护修复提供了依据。