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吴智深研究领域包括结构工程、纤维复合材料、先进传感技术、智能材料/结构及智慧基础设施、城市安全与节能工程等，发表高水平期刊论文500余篇，入选爱思唯尔（Elsevier）中国高被引学者（Most Cited Chinese Researchers）榜单，入选全球前2%顶尖科学家榜单土木领域前百名，论文总引次数名列相关领域国际前茅；著书12册；获国内外发明专利100余项；获国际结构健康监测人物奖、国际土木工程FRP学会（IIFC）奖章最高学术奖、国际先进材料协会奖章（IAAM Medal）各1项，在国内作为第一完成人获国家科技进步二等奖、国家技术发明二等奖，省部级一等奖以上6项，在日本获学术奖4项；主编国内外标准20余项，主持重大研究及工程项目30余项。

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0726开元官方推荐下基层、入社区、访居民……为更精准地服务慢病人群，自履职以来，蔡菁菁集中开展了慢病基层调查工作。2023年8月，其团队公布了湖南首个基于医疗机构、基层公卫、医保及疾控数据编撰的心脑血管疾病防控报告《湖南省心血管健康与疾病报告概要(2020)》，提出应加快医防融合、消除信息孤岛、落实健康责任，使医疗资源更好地惠及各界民众。