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1610年5月，利玛窦病逝于北京，终年59岁。据金尼阁(Nicolas Trigault)整理的《利玛窦中国札记》，利玛窦逝世时，众多朋友、“大臣们和其他地位很高的人们”赶来吊唁。抬棺进入墓地之时，“保禄博士(即徐光启)尤其悲恸……他对利玛窦神父尤其诚挚。他是一位高官显宦，但也悲伤流涕作为他友谊最后伤感的表示……”

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