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吴智深2005年起担任东南大学博士生导师，2006年城市工程科学国际研究中心主任； 2009年江苏省玄武岩纤维工程中心主任；2010年东南大学校长特别助理，学术特区城市工程科学技术研究院院长，土木工程学院学术委员会主任，一级学科学术带头人；2011年任玄武岩纤维生产及应用技术国家地方联合工程研究中心主任，国家预应力工程技术研究中心工程技术委员会副主任委员；2013混凝土及预应力混凝土结构教育部重点实验室主任，2018年东南大学校务委员会副主任。

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